تتولى تنفيذ القوانين الكمركية وما يصدر عن أجهزة الدولة المختلفة من قوانين واوامر وقرارات وتعليمات وضوابط ذات صلة بأختصاصات الهيئة وتحديد الاسس والمبادىء اللازمة لتسهيل عملية تنفيذها بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة ووضع وتنفيذ الخطط اللازمة لمكافحة التهريب ودراسة التشريعات الكمركية النافذة وتقديم المقترحات اللازمة لتعديلها وتطويرها ضمن اهداف السياسة المالية للقطر وخطط التنمية القومية والتجارة الخارجية و إبداء الرأي في الجوانب الكمركية للأتفاقيات التجارية والترانسيت التي يعقدها القطر مع الاقطار العربية والدول الاجنبية وقرارات وتوصيات المنظمات العربية والدوليةذات العلاقة بأختصاصات الهيئة.

يتكون مركز الهيئة من الاقسام الاتية:-

1- قسم إدارة ألأفراد:- يتولى تنظيم شؤون العاملين في الهيئة وتطبيق أحكام وقوانين وقواعد الخدمة والتعليمات الصادرة بموجبها, كما يتولى اعداد الملاكات وتنفيذها بعد المصادقة عليها ووضع الخطط اللازمة لتوزيع القوى العاملة على الاقسام المختلفة حيب الاختصاص المطلوب.

2- القسم المالي:- يتولى إعداد وتقديرات الموازنة السنوية للهيئة ومتابعة تنفيذها وإعداد مستندات القيد والصرف لكافة المعاملات المالية والمحاسبة بعد إستحصال الموافقات الاصولية ومسك السجلات الحسابية ومتابعة الايرادات الكمركية الخاصة بها والقيام بعمليات شطب المواد التالفة والاثاث المستهلك والصرف والقبض الناشئة عن كافة المعاملات الكمركية وغيرها وتنظيم الحسابات الشهرية بما ينسجم وقواعد النظام المحاسبي اللامركزي والسيطرة والاشراف على مخزن القرطاسية.

3- قسم العلاقات والمعلومات:- يتولى متابعة شؤون الاتفاقيات الاقتصادية التي يعقدها القطر مع الاقطار العربية والاجنبية وشؤون المنظمات الدولية والامور الخاصة بالهيكل التنظيمي للهيئة وكل مايتعلق بوكلاء الاخراج والمساهمة في تعريف الجمهور بنشاطات الهيئة المختلفة ومتابعة ماينشر بالصحف من امور تخص الهيئة والرد عليها بعد بيان الرأي بشأنها وإستقبال الوفود وتأمين مستلزماتهم و إقامة الندوات والحفلات والمؤتمرات وأعمال الترجمة وإعداد الاحصائيات المتعلقة بخطة العمل السنوية والمساهمة في تدريب الكادر الوظيفي عن طريق فتح الدورات التدريبية وتطوير أساليب العمل وإعداد تقارير تقييم الاداء وفق الاسس الموضوعية والاشراف على نشرة الكمارك وطبع وإصدار المطبوعات التي تصدر عن الهيئة والتي لها تماس بعمل الكمارك.

4- قسم الشؤون القانونية والامور الكمركية:- يتولى تهيئة مشاريع القوانين والانظمة والبيانات والتعليمات والقرارات الكمركية و إبداء الرأي والمشورة القانونية في القضايا التي تخص الهيئة وتمثيل الهيئة العامة للكمارك في الدعاوى التي تقيمها الهيئة أو التي تقام ضدها لدى مختلف الهيئات والمحاكم ومجالس الانضباط العام وتنفيذ ما يصدر من أجهزة الدولة المختلفة من اوامر وقرارات وتعليمات وضوابط ذات صلة بالامور الكمركية وتحديد الاسس والمبادىء اللازمة لتسهيل عملية تنفيذها والتنسيق مع الجهات الاخرى ذات العلاقة ومنح براءات الذمة للشركات الاجنبية وغيرها وتصفية فروعها والاشراف الاداري على سكرتارية الهيئة التمييزية والاعتراضية.